循环水系统长时间运行，在设备表面会附着一些污垢，这些污垢不仅影响设备的换热效率，增加能耗，还会对设备造成垢下腐蚀，因此对循环水系统的清洗，是关系到循环冷却水水处理的效果的一个重要环节。常用的清洗剂可以分为无机酸和有机酸两类，其中有机酸腐蚀性较小，有的有机酸有螯合能力，可以用在设备不停车清洗上，但是其与无机酸相比，成本较高，需要在较高温度下操作，清洗时间耗费较长。
常用的水垢清洗剂之有机酸有以下几种：
1、氨基磺酸，又称固体硫酸，其水溶液酸性与盐酸、硫酸相似，具有不挥发、无臭味，对人体毒性极小。氨基磺酸的碱土金属盐有很好的溶解性，与钙镁垢反应剧烈。通常工业上使用7%-10%浓度的氨基磺酸水溶液，在60℃以下除垢，可将90%的钙镁垢去除。但是氨基磺酸水溶液对铁锈作用较慢，需配合非离子表面活性剂提高渗透速率，也可以添加一些氯化物，使之缓慢产生盐酸，从而有效溶解铁锈。
2、柠檬酸，柠檬酸是清洗过程中使用最多的有机酸，
3、乙酸，俗称醋酸，其对金属腐蚀性低，对人体毒害作用小，它的盐易溶于水，渗透力强，所以适合清洗水垢和铁锈等腐蚀产物，黄铜和晶间腐蚀敏感的材料适合用乙酸清洗。
4、羟基乙酸，其在水中溶解性比乙酸更好，酸性比乙酸强，对锈垢的溶解能力比乙酸大，但其对钢铁的腐蚀性要比盐酸、硫酸小得多，因此羟基乙酸主要用于清除四氧化三铁等氧化皮。
