循环水系统长时间运行，在设备表面会附着一些污垢，这些污垢不仅影响设备的换热效率，增加能耗，还会对设备造成垢下腐蚀，因此对循环水系统的清洗，是关系到循环冷却水水处理的效果的一个重要环节。
一般来说，清洗可以分为三大类：物理清洗、化学清洗和物理化学综合清洗。
循环水系统中常见的水垢物理清洗有以下几种：
1、高压水射流清洗，即利用小口径喷嘴以高压水连续喷射，靠高压水的冲击力去除冷却水系统中的污垢。
2、旋转机械清洗，即在器械头部安装各种类型的转头、刀具或钢丝刷，通过旋转来去除换热器管道内壁的焦垢和硬垢。
3、吸引清洗，即用真空泵将生物粘泥垢直接吸引出，然后移除。
4、胶球清洗，主要用于发电厂凝汽器的清洗，借助循环水的压力使大于管径的弹性胶球进入凝汽器管内，胶球的挤擦作用可以将附着在管壁的污物去除。
循环水系统中常见的水垢化学清洗有以下几种：
1、酸洗，这种清洗方式是最常见的清洗方式，主要利用无机盐垢和锈垢与酸反应，发生化学溶解反应，使固体污垢转化为液体排除系统。
2、碱洗，主要用于油脂类污垢和硅垢。
3、表面活性剂清洗，主要利用表面活性剂的乳化和分散作用来去除系统中的轻质油脂类污垢。
4、络合清洗剂，利用其络合作用去除系统表面附着的氧化物及碳酸盐水垢，腐蚀性微生物。
5、杀生清洗剂，主要是用来剥离去除生物黏泥。
循环水系统中的物理化学综合清洗就是利用两种及两种以上可以互相反应产生气体的化学药剂先后投入水中，产生的气体会干扰循环水的正常流动，使污垢松动脱落，从而达到清洗的作用，主要用来去除软垢和杀生清洗后附着力弱的生物黏泥。
