杀菌剂的选择一般通过杀菌试验筛选，在应用于现场。由于现在杀菌剂的种类越来越多，在筛选时需要考虑以下因素：
1、 广谱高效，选择的杀菌剂应该能有效控制种类广泛的微生物，对各种细菌、真菌和藻类都有效。使用后，杀菌剂的杀菌率应在90%以上，药效要能维持24h。
2、 不危害环境，为防止排污水对环境造成污染，应了解杀菌剂的毒性等级，降解性能，对使用地区的环保部规定及允许的排放标准。非氧化性杀菌剂，在投加24h后才能排污，而且其余毒要达到环保要求。
3、 与其他化学药剂和使用条件相容，杀菌剂可以与阻垢缓蚀剂及其他杀菌剂匹配使用，不互相干扰。例如季铵盐与阴离子表面活性剂共用时，易产生沉淀，也不宜与氯酚类杀菌剂共用。当水中含氨或还原性物质时，会影响氧化性杀菌剂的效果。
4、 注意微生物的抗药性，应避免长时间单独使用一种非氧化性杀菌剂，最好两三种交替使用。如果只是偶尔使用非氧化性杀菌剂，则可以不必考虑抗药性。
5、 经济实用，杀菌剂最好能高效价廉，来源方便，溶解性好，实用安全方便。在循环冷却水系统中，杀菌剂的种类可以随时改变，但最好做一个规划，选择一个较好的方案。例如非氧化性杀菌灭藻剂单独使用比氧化性杀菌剂为主，非氧化性杀菌剂为辅的使用方案费用要高很多，又例如两种或两种以上的杀菌剂配合使用可以增效，这些都可以使杀菌剂的用量减少，费用降低。
