在浊环水系统中，微生物和各种藻类大量生长繁殖。在系统管壁内、水槽、各类冷水池、热水池的侧壁上，经常会布满绿藻、蓝藻和灰色的微生物黏泥。在循环水运行中，水面会经常漂浮着一些藻块，池底、槽底也经常沉积着大量灰色的微生物黏泥。就其原因主要有以下几个方面：含有微生物的补充水不断进入循环水系统；冷却塔中喷淋下来的水又从逆流相遇的空气中捕集了大量的微生物进入冷却水系统；冷却系统充沛的水量为这些进入的微生物生长提供了可靠的保障。冷却水的水温（一般均温在37℃），溶解氧、各种无机盐、有机物（如油污）等都为微生物藻类的繁殖滋生提供了条件。即便是厌氧性微生物，如硫酸盐还原菌，因冷却水中硫酸盐的存在，而成为所需能量的来源。
　　微生物黏泥危害问题有以下几点：
　　A大量的微生物黏泥、藻类影响系统的外观，浊度提高。
　　B大量的黏泥堵塞冷却水通道,或减少冷却水通道的截面积，从而降低冷却水通过，增加泵压。
　　C加速腐蚀。
　　D因黏泥而影响杀生剂效果。
　　E堵塞喷嘴和降低过滤器效果。
　　控制藻类办法：投加杀生剂
　　（4）结垢及腐蚀问题
　　结垢及腐蚀危害是这类循环水系统需解决的主要问题之一。
　　系统中结垢及腐蚀产生的危害如下：
　　a降低热传递效果或传热不匀
　　b生产线非计划停产
　　c设备腐蚀（垢下腐蚀）
　　d增加管线输送压力落差及电力消耗
　　e减低腐蚀抑制剂效果
　　通过投加阻垢分散药剂，可以有效地抑制结垢危害和减缓腐蚀。