利用某种化学药品与膜面有害物质进行化学或溶解作用来达到清洗的目的。选择化学药品的原则，一是不能与膜及其他组件材质发生任何化学反应或溶解作用，二是不能因为使用化学药品而引起二次污染。
　　①酸洗法：常用的酸有盐酸、草酸、柠檬酸等。配制后溶液的PH值因材质类型而定。例如CA膜清洗液PH=3～4，其他PS、SPS、PAN、PVDF等膜PH=1～2。利用水泵循环操作或者浸泡0.5～1h，对去除无机杂质效果好；
　　②碱洗法：常用的碱主要有氢氧化钠、氢氧化钾和碳酸钠等。配制碱溶液的PH 值也因膜材质类型而定，除CA膜要求PH=8左右以外，其他耐腐蚀PH=12，同样利用水泵循环操作或者浸泡0.5～1h，对去除有机杂质及油脂有效；
　　③氧化性清洗剂：利用500～1000mg/LNaClO 水溶液清洗超滤膜，既去除了污垢，又杀灭了细菌。NaClO是目前常用的杀菌剂。
　　常规清洗步骤如下，可资参考。
　　（1）先用清水冲洗整个超滤系统。水温最好采用膜组件所能承受的较高温度。
　　（2）选用合适的清洗剂进行循环清洗。清洗剂中可含EDTA或六偏磷酸盐之类的络合剂。
　　（3）用清水冲洗，去除清洗剂。
　　（4）在规定条件下校核膜的透水通量。如未能达到预期数值时，重复第二步、第三步清洗过程。
　　（5）用0.5％的甲醛水溶液进行消毒贮存。
　　化学清洗程序建议如下:
　　1）、依据：
　　根据水质设定时间或者TMP达到设定值时进行化学清洗 
　　2）、药剂及浓度见下表：

 
　　3）、程序：
　　清洗程序为杀菌、酸洗、漂洗
　　4）、注意事项：
　　a.  清洗药液的温度对于清洗效果有着直接的影响，一般情况下控制清洗药液的温度为35℃，如果冬天达不到要求需要适当延长化学清洗的时间
　　b.  在杀菌和酸洗之间需要进行漂洗，可以采用正冲或者反洗的方式将化学清洗下来的污染物及药剂冲洗干净达到中性
　　c.  我们推荐采用先杀菌后酸洗的次序进行清洗，但是需要根据实际的清洗效果进行调整，即如果在实际运行过程中发现先进行酸洗的效果较好的话，那么可以根据实际情况进行变更
　　d.  在清洗的过程中可以适当考虑打开产水排放门数分钟，保证药液通过膜丝到达产水侧然后关闭产水侧排放门，这样可以适当清除掉产水侧和膜丝内部的污染物