由于细胞不同的利用能力，可把细菌分为自养型和异养型细菌。工业循环冷却水系统中主要的细菌有异养菌、铁细菌、硫酸盐还原菌；藻类有蓝藻类、绿藻类和硅藻类。
异养菌是一类细菌的总称，此类细菌不能依靠自生能力生长繁殖你，必须依靠外界环境提供的物质作为自生繁殖的碳源及营养源。异养菌在工业循环水中大量存在，尤其当有机介质泄漏时，为其提供了大量的碳源，生长繁殖迅速，形成黏泥，严重影响换热效果，也会造成设备腐蚀。
铁细菌是一种好氧菌，在静止水中完全缺铁的深层是很难生长繁殖的，在流动的水中有一定的溶解氧，使得铁细菌能生长。铁细菌也是在与水接触的菌种中最为常见的一种。它的存在会导致严重的设备的腐蚀。由于金属表面附着许多菌，它具有氧化水中亚铁成为氢氧化高铁的能力，使高铁化合物在铁细菌胶质鞘中沉积下来。这样形成了如菌体和强氧化高铁等组成的结瘤，使水流中溶解氧很难扩散到底部金属表面。菌呼吸也消耗了氧，为贫氧区结瘤周围的氧浓度相对较高，形成了氧浓差电池。瘤下部缺氧区为腐蚀电池的阳极区，瘤周围为阴极区，设备管壁溶解出的亚铁离子向外扩散，未能到表面的成为氢氧化亚铁，这样结瘤扩大，阳极区腐蚀随之加深。由于瘤底部缺氧，使腐蚀加深。
无论是无机杀菌剂或有机杀菌剂，氧化型杀菌剂或非氧化型杀菌剂，其杀菌机理可归纳为以下几种机理。1、阻碍菌体的呼吸作用2、抑制蛋白质合成3、破坏细胞壁4、阻碍核酸的合成
